Les ensembles géographiques en Indre et Loire : 

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Le département est composé principalement de deux grands ensembles géographiques : les vallées (de la Loire et du Cher) et les plateaux (de la Gâtine et de la Champagne). 

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Les plateaux et les vallées abritent des habitats favorables aux chiroptères. 

D'une part, les massifs forestiers représentent 24% du territoire et permettant ainsi de territoires de chasse, de gîtes ou de corridors pour les déplacements des Chiroptères. 

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D'autre part, les coteaux hébergés par les flancs de vallées sont constitués de nombreuses cavités souterraines apparus à la suite de l'extraction de la pierre de Tuffaut qui fût longtemps utilisé dans le département. De cette façon, de nombreuses cavités d'extractions ont été transformé en habitations, en champignonnières, en refuges ou encore parfois en lieu de culte. Ce type de cavités est fortement apprécié par les Chiroptères durant la saison hivernale ou les périodes de transit et de reproduction.

Certaines cavités sont tellement grandes qu'elles forment des réseaux sous les villes. Ces réseaux de cavités constituent des sites d'importances nationales ou internationales (Loches, Savonnières...).