Parmi les 34 espèces françaises, 21 espèces de Chiroptères sont présentes en Indre et Loire. 

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Les Chiroptères présentes en France se répartissent en deux sous-ordre : les Yinpterochiroptères et les Yangochiroptères. 

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Les Yinpterochiroptères regroupent, pour les espèces présentes en Indre et Loire, la famille des Miniopteridés et Rhinolophidés comportant respectivement une et trois espèces telles que : 

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- Genre Miniopeterus : Miniopterus scheirbersii (Minioptère de Scheirbers)

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- Genre Rhinolophus : Rhinolophus hipposideros (Petit Rhinolophe), Rhinolophus ferrumequinum (Grand Rhinolophe), Rhinolophus euryale (Rhinolophe euryale)

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Les Yangochiroptères regroupent, pour les espèces présentes en Indre et Loire, la famille des Vespertilionidés :

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- Genre Myotis : Myotis myotis (Grand Murin), Myotiys emarginatus (Murin à oreilles échancrées), Myotis mystacinus (Murin à moustaches), Myotis alcathoe (Murin d'Alcathoé), Myotis daubentonii (Murin de Daubenton), Myotis nattereri (Murin de Natterer), Myotis bechsteinii (Murin de Bechstein)

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- Genre Plecotus : Plecotus austriacus (Oreillard gris), Plecotus auritus (Oreillard roux)

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- Genre Barbastalla : Barbastella barbastellus (Barbastelle d'Europe)

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- Genre Eptesicus : Eptesicus serotinus (Sérotine commune)

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- Genre Nyctalus : Nyctalus noctula (Noctule commune), Nyctalus leisleri (Noctule de Leisler)

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- Genre Pipistrellus : Pipistrellus pipistrellus (Pipistrelle commune), Pipistrellus pygmaeus (Pipistrelle pygmée), Pipistrellus kulhii (Pipistrelle de Kuhl), Pipistrellus nathusii (Pipistrelle de Nathusius)

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